根据最高人民法院《关于执行〈全国人民代表大会常务委员会关于禁毒的决定〉的若干问题的解释》的规定，所谓“持有”，是指占有、携有、藏有或者其他方式持有毒品的行为。所谓“运输”，指明知是毒品而采用携带、邮寄、利用他人或者使用交通工具等方法非法运送毒品的行为。 可见，非法持有毒品罪与运输毒品罪实际上存在一般和特殊的关系，运输毒品罪在客观上必然表现为非法持有毒品的行为，因此两罪存在一定的竞合关系。 两罪的主要区别在于：
 
根据最高人民法院《关于执行〈全国人民代表大会常务委员会关于禁毒的决定〉的若干问题的解释》的规定，所谓“持有”，是指占有、携有、藏有或者其他方式持有毒品的行为。所谓“运输”，指明知是毒品而采用携带、邮寄、利用他人或者使用交通工具等方法非法运送毒品的行为。
 
可见，非法持有毒品罪与运输毒品罪实际上存在一般和特殊的关系，运输毒品罪在客观上必然表现为非法持有毒品的行为，因此两罪存在一定的竞合关系。
 
两罪的主要区别在于：非法持有毒品罪是运输毒品罪的补充罪名，只有行为人不以进行运输毒品犯罪为目的或者作为运输毒品犯罪的延续而存在的，才能以非法持有毒品罪论处，否则应以运输毒品罪定罪处罚。
 
对此，最高人民法院《关于执行〈全国人民代表大会常务委员会关于禁毒的决定〉的若干问题的解释》第三条规定：“根据已查获的证据，不能认定非法持有较大数量毒品是为了进行走私、贩卖、运输或者窝藏毒品犯罪的，才构成本罪。如果有证据能够证明非法持有毒品是为了进行走私、贩卖、运输、窝藏毒品犯罪的，则应当定走私、贩卖、运输或者窝藏毒品罪。”最高人民法院《全国法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要》也予以明确规定：“非法持有毒品达到刑法第三百四十八条规定的构成犯罪的数量标准，没有证据证明实施了走私、贩卖、运输、制造毒品等犯罪行为的，以非法持有毒品罪定罪。”同时《纪要》还规定：“吸毒者在购买、运输、存储毒品过程中被抓获的，如没有证据证明被告人实施了其他毒品犯罪行为的，一般不应定罪处罚，但查获的毒品数量大的，应当以非法持有毒品罪定罪。”
 
实践中，认定行为人是否构成非法持有毒品罪还应注意以下两个问题： 一是非法持有毒品罪“持有”的本质在于行为人对毒品事实上的支配或占有，就“持有”的表现形态而言，“持有”既可以表现为静态的占有、藏有的行为，也可以表现为随身携带等动态的行为，“持有”的状态并不影响“持有”的成立。因此，应避免将凡是随身携带或者乘坐交通工具将毒品从甲地“运输”到乙地的行为，均认定为“运输”行为；二是对于毒品犯罪案件证据的认定，往往由于毒品、毒资等证据已不存在，或者被告人翻供，导致审查证据和认定事实困难。在处理这类案件时，仅凭被告人口供依法不能定案。只有当被告人的口供与同案其他被告人的供述吻合，并且完全排除诱供、逼供、串供等情形，被告人的口供与同案被告人的供述才可以作为定案的证据。